提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
两岸同胞“云拜年”蔚为风潮 祝福中传递交流心愿******
(新春见闻)两岸同胞“云拜年”蔚为风潮 祝福中传递交流心愿
中新社北京1月27日电 (朱贺)“愿两岸春暖花开,望两岸共向美好未来,期待两岸民众早日聚首一堂……”癸卯兔年春节,两岸各界人士以视频方式向同胞拜年蔚为风潮,同胞们在拜年词中传递祝福,讲述期盼恢复交流、共享团圆的心愿。
连日来,“两岸同胞拜大年”话题在大陆社交媒体中讨论热烈,截至27日已获超1.2亿次阅读量。有网友表示,在穿越海峡的新春祝福中看到了“两岸一家亲”,望两岸早日冲破阻隔、团圆美满。
近年两岸关系复杂严峻叠加新冠疫情等因素,令两岸交流颇为不易。北京联合大学台湾研究院副院长李振广接受中新社采访表示,在此背景下,两岸同胞坚持以“云端”方式互叙亲情,充分证明台当局出于政治利益的阻挠无法阻断两岸血脉相连的骨肉亲情和彼此牵挂。
祝福跨海而来,思念绵延不断,尽快恢复交流成为今春两岸同胞的共同心声。正如中国国民党前主席洪秀柱在拜年视频中所言,希望两岸各领域的交流都能恢复热络,携手同心,和衷共济。
前台北市议员罗智强、台湾统一联盟党主席戚嘉林、台湾新党主席吴成典、台湾人民共产党主席林德旺等党派人士,也通过拜年视频表示,愿两岸恢复交流,携手并进。台北市议员秦慧珠向上海市民拜年,她谈到,上海和台北是姐妹市,希望疫情后可以互相拜访,互助合作。
“期盼未来一年两岸文化纽带愈加坚韧。”台北书院山长、文化学人林谷芳在拜年视频中表示。京剧梅派传人梅葆玖大弟子、台湾京剧艺术家魏海敏则在祝福中表达了新年到大陆登台演出的心愿。致力于两岸交流二十余年的台湾知名画家李沃源期待,未来带更多台湾同胞到大陆交流,也欢迎大陆画家好友赴台采风。
春节是两岸同胞共同的历史文化传承,也是彼此心灵契合的重要桥梁和纽带。家庭是两岸血脉相连、融合发展的缩影,两岸夫妇的拜年祝福也格外动人。
在北京生活12年的台胞律师林敏睿与来自山东的妻子在北京度过第四个春节,与孩子们共祝两岸同胞新春快乐。台湾青年林宇阳和来自西安的太太王曼则回到台湾过年,他们希望海峡两岸同胞都能相亲相爱,相向而行。
在各地过年的台青和台生也通过镜头表达新春祝愿。在大陆创业多年的台青徐韬返台与家人团聚,他期盼两岸共同发展、共享繁荣;浙江临海潭子茶屋负责人陈彦桦则希望,更多台湾青年主动融入祖国发展,让两岸青年间的合作“兔”飞猛进;就读于中国人民大学国际关系学院的台生曹耿豪留校过年,他说,大陆的伙伴都对自己照顾有加,让他在此有了家的感觉,倍感温暖。
“拜年过程中,两岸同胞感觉彼此的感情更深、更浓了。随着更多台湾同胞来大陆求学、工作、生活、扎根,这种联结会越来越深厚。”李振广期待未来两岸交流更密切、更便利,为台海和平稳定筑牢坚实基础。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)